Quá trình hoạt động hằng năm, Cty đã thuê một Cty kiểm toán để minh bạch tài chính với các cổ đông. Thế nhưng, ngay trong năm 2008, một số cổ đông đã phát hiện việc kiểm toán tại Cty này đã giấu những sai phạm. Cụ thể, hàng năm Cty cổ phần hoá chất đều thuê Cty TNHH kiểm toán và dịch vụ tư vấn tài chính kế toán Thủy Chung (viết tắt là CPA, có trụ sở tại 45 Nguyễn Công Trứ, quận I, TPHCM) thực hiện kiểm toán. Báo cáo kiểm toán niên khoá 2007 do TGĐ Cty kiểm toán CPA Phùng Thị Thanh Thuỷ ký nêu rõ: "... Báo cáo tài chính đã phản ánh trung thực, hợp lý tình hình tài chính của Cty, phù hợp với chuẩn mực và chế độ kế toán VN hiện hành".

Khi nhận được đơn tố cáo, Công an quận Long Biên đã điều tra  và phát hiện trong năm 2007 có sự sai lệch trong báo cáo công nợ nhanh với số liệu quyết toán năm tại Trung tâm Kinh doanh và Dịch vụ hoá chất thuộc Cty với  số tiền thất thoát lên tới 2,8 tỉ đồng. Đây không phải là lần đầu tiên có sự thất thoát tài sản tại Cty này. Một dấu hỏi đặt ra là liệu có sự thông đồng giữa lãnh đạo Cty CP hoá chất với kiểm toán để che giấu những vi phạm tài chính nghiêm trọng?