Cũng theo các nghiên cứu về di truyền của virus cúm, virus gây dịch tại VN từ năm 2007 đến nay chủ yếu thuộc nhánh 1 (tại các tỉnh ĐBSCL) và nhánh 2, 3 và 4 (tại các tỉnh ĐBSH) và virus này đang tiếp tục biến đổi. Đáng lưu ý, theo kết quả giám sát sự lưu hành virus H5N1 tại 20 địa phương trong cả nước, tỉ lệ đàn gia cầm có virus H5N1 lên tới 1,68%. Cục Thú y cảnh báo, với tỉ lệ lưu hành virus cao, nguy cơ bùng phát dịch từ vịt chạy đồng ở khu vực ĐBSCL vẫn rất lớn. Còn tại các tỉnh Bắc Bộ, tỉ lệ virus lưu hành trên đàn gà tại nhiều địa phương rất cao như Hải Dương, Quảng Ninh.