Sau thời gian lâm trọng bệnh, mặc dù được các môn đồ, pháp quyến và tập thể thầy thuốc BVĐK Bình Định tận tình chăm sóc, chữa trị, nhưng vì tuổi cao, sức yếu, đã thâu thần viên tịch lúc 13 giờ 15 phút ngày 5.7.2008, nhằm ngày 3.6 năm Mậu Tý tại tu viện Nguyên Thiều - xã Phước Hiệp, huyện Tuy Phước, tỉnh Bình Định - trụ thế 89 năm, hạ lạp 71 năm.
Linh cữu của Hòa thượng Thích Huyền Quang quàn tại tu viện Nguyên Thiều. Chương trình tang lễ được cử hành như sau: 8 giờ ngày 6.7 (nhằm 4.6 Mậu Tý) - lễ nhập kim quan; sau 8 giờ ngày 6.7 đến trước 7 giờ ngày 11.7 (9.6 năm Mậu Tý) - luân phiên tụng niệm và viếng; 7 giờ ngày 11.7- cung nghinh nhập Bảo tháp.