Công trình này được thực hiện với tổng đầu tư lúc đó 3 tỉ đồng. Tháng 11.1999 khởi công, kế hoạch xây dựng trong 76 ngày là đưa vào sử dụng.

Thế nhưng, mới thi công được 10 ngày thì một số ngư dân có tàu thuyền neo đậu tại vịnh Mân Quang ngăn cản, nên phải tạm ngừng. Lý do họ đưa ra là cầu tàu sẽ vướng chỗ neo đậu của ngư dân. Việc giải quyết theo hướng "nhượng bộ" người dân kéo dài nhiều năm vẫn bất thành. Công trình bị bỏ dở khi vật tư, công cán đã đổ xuống biển trên 2 tỉ đồng.

Điều đáng nói là giữa các bên Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan Đà Nẵng và UBND TP.Đà Nẵng đã tốn nhiều văn bản để tìm hướng giải quyết thích hợp đối với dự án này. Năm 2003, UBND TP.Đà Nẵng đưa ra phương án nghiên cứu vị trí gần hồ Xanh, dưới chân núi Sơn Trà để xây dựng cầu tàu cao tốc hải quan thay cho vị trí vịnh Mân Quang trước đây. Tuy vậy, sau đó đã xảy ra bất đồng ý kiến của Viện Quy hoạch đô thị Đà Nẵng.

Một số vị trí khác trên sông Hàn được Đà Nẵng giới thiệu thay thế, nhưng rồi cũng chẳng được thoả thuận. Mãi đến giữa tháng 6.2008 mới có quyết định sẽ cho xây dựng tại vùng biển Sơn Trà-cạnh hồ Xanh với diện tích 2.100m2 cả trên bờ lẫn dưới nước.

Một cầu tàu cao tốc cho lực lượng Hải đội 2 chống buôn lậu trên vùng biển miền Trung hoạt động những tưởng đơn giản, nhưng thực tế phải mất gần 10 năm song cũng còn nằm trên giấy.