Qua kiểm tra công tác theo dõi chi tiết giá thành cho thấy, đơn vị hạch toán đầy đủ chi phí trong giá thành nhưng chưa hạch toán giá thành đầy đủ cho từng đầu sách, nên chưa đáp ứng được yêu cầu quản lý tài chính về giá thành sản phẩm và khó khăn cho công tác kiểm tra, phân tích đánh giá giữa giá thành thực tế và giá bán.

Căn cứ số liệu báo cáo của NXBGD về một số nội dung chi phí, bao gồm khấu hao tài sản cố định, chi phí hoạt động tài chính, nhuận bút, phim ruột và phim bìa từ năm 2002-2005 cho thấy: Các chi phí này có giá thành kế hoạch cao hơn chi phí thực tế 25,478 tỉ đồng/năm, bằng 3,2% doanh thu. Chi phí chiết khấu giá thành SGK (chi phí phát hành) theo tỉ lệ 24% giá bìa, cũng cao hơn so với mặt bằng chung của cả khu vực khoảng 4%.

Nguyên nhân chênh lệch giữa giá kế hoạch và chi phí thực tế là NXBGD xây dựng giá bán SGK ổn định trong 10 năm, trong khi giá giấy tăng (khoảng 5-7%/năm), các chi phí về tiền lương, tiền điện, xăng dầu cũng tăng khoảng 5-8%/năm; số lượng SGK phát hành trong giai đoạn 2007-2012, giảm khoảng 40% làm cho giá thành đơn vị sản phẩm tăng...

Do vậy, khi xây dựng giá đã tính đến các yếu tố trên, nhằm đảm bảo giữ giá ổn định trong giai đoạn dài. Nếu giữ nguyên cơ chế như hiện nay, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Bộ GDĐT chỉ đạo NXBGD giảm giá bán SGK và cần thiết có thể xây dựng giá bán cho từng năm học.

NXBGD là đơn vị duy nhất được Nhà nước giao xuất bản SGK, do vậy công tác xuất bản SGK đang là độc quyền. Qua thanh tra cho thấy, do độc quyền xuất bản SGK nên không có sự cạnh tranh để giảm giá bán, không tạo ra sự cạnh tranh để nâng cao chất lượng sách giữa các nhóm tác giả biên soạn; không có sự lựa chọn một số bộ SGK tối ưu để đáp ứng tốt nhất công tác giảng dạy và học tập.

Vì thế, Thanh tra CP kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ GDĐT nghiên cứu hoàn thiện cơ chế xoá độc quyền xuất bản SGK; trong trường hợp giữ nguyên cơ chế cũ thì giảm giá bán SGK; đồng thời yêu cầu NXBGD nộp 6,79 tỉ đồng thuế thu nhập doanh nghiệp, chấn chỉnh công tác quản lý giá thành để đáp ứng yêu cầu quản lý theo quy định của Nhà nước, nghiêm túc kiểm điểm các tổ chức, cá nhân liên quan đến việc quản lý, sử dụng kinh phí hỗ trợ hơn 2 tỉ đồng, kịp thời xây dựng quy chế tài chính để quản lý chặt chẽ hoạt động hỗ trợ, xuất toán 302,9 triệu đồng.