Sau khi báo phát hành, Thủ tướng Chính phủ đã có văn bản yêu cầu xử lý nghiêm những sai phạm tại Trường ĐHDL Đông Đô.
Thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng, Thanh tra Chính phủ, Thanh tra Bộ GDĐT đã vào cuộc và đã có kết luận về vụ việc.
Dựa trên những kết luận đó, chiều 16.4, Thứ trưởng Bộ GDĐT Bành Tiến Long đã tới Trường ĐHDL Đông Đô công bố các quyết định của Bộ GDĐT về việc bãi miễn đối với các chức danh và xử phạt vi phạm hành chính tại trường ĐH này.
Cụ thể: Phạt Trường ĐHDL Đông Đô 45 triệu đồng vì đã có hành vi vi phạm hành chính quy định về chỉ tiêu tuyển sinh kỳ thi tuyển sinh ĐHCĐ năm 2007; quyết định số 2062/QĐ-BGDĐT quyết định không công nhận HĐQT Trường ĐHDL Đông Đô nhiệm kỳ 2003-2008 gồm 5 thành viên là các ông: Đàm Quang Giang, Nguyễn Văn Khanh, Nguyễn Niên, Vũ Tráng, Chu Đình Thuý.
Không công nhận ông Nguyễn Văn Khanh là Chủ tịch HĐQT Trường ĐHDL Đông Đô; không công nhận ông Nguyễn Niên là Hiệu trưởng Trường ĐHDL Đông Đô...
Bộ GDĐT cũng có các quyết định công nhận GSTS Vũ Xuân Quang làm Chủ tịch HĐQT lâm thời, PGSTS Trần Duy Đoa giữ chức quyền Hiệu trưởng Trường ĐHDL Đông Đô.