Nguyên nhân là do nhận thức chưa đầy đủ về quyền, chức năng, trách nhiệm của cơ quan quản lý nhà nước về môi trường và thực hiện quyền năng của chính quyền các cấp.

Trước hết là nhận thức về trách nhiệm trong việc bảo vệ môi trường cũng như tác hại của những hành vi vi phạm về môi trường thể hiện trong việc cấp chứng nhận bảo đảm về môi trường cho các cơ sở sản xuất, dịch vụ, y tế.

Bên cạnh đó, nhiều điều luật chưa có văn bản hướng dẫn của liên ngành Trung ương để cơ quan chức năng có nhận thức và áp dụng thống nhất. Phân tích rõ hơn về các nguyên nhân này, Thạc sỹ Hiển cho rằng: Cơ quan chức năng quản lý nhà nước về môi trường và chính quyền các cấp là nơi thông qua hoạt động chức năng của mình, để phát hiện những hành vi vi phạm và xử lý các vi phạm đó theo thẩm quyền. Bởi trong số 10 tội danh về môi trường có tới 8 tội danh quy định phải có điều kiện "Đã bị xử phạt hành chính mà vẫn còn vi phạm" (Điều 82, 183, 184, 185, 187, 188, 189, 191). Do vậy, các cơ quan quản lý nhà nước về môi trường không phát hiện nhưng hành vi vi phạm và xử phạt theo thẩm quyền, thì làm sao các cơ quan tố tụng có thể xử lý những hành vi vi phạm đó theo quy định của Bộ Luật Hình sự.

Hay việc thiếu những văn bản hướng dẫn cụ thể đối với các tội danh về tội phạm môi trường cũng là khó khăn cho các cơ quan tố tụng. Cụ thể là có tới 8 điều luật quy định về tình tiết "gây hậu quả nghiêm trọng" là tình tiết định tội và định khung hình phạt, thì chưa được hướng dẫn thế nào là gây hậu quả nghiêm trọng. Mặc dù có hành vi vi phạm xảy ra nhưng các cơ quan tố tụng cũng không có định lượng cụ thể để đánh giá nên không thể khởi tố, hoặc các khái niệm "thải vào không khí", "chôn vào đất các chất độc hại quá mức cho phép" vậy tới mức nào là quá mức cho phép? Cơ quan nào có thẩm quyền xác định? hay sự phân biệt giữa rác thải với phế liệu như thế nào...