Theo đó, sẽ điều tra khảo sát, thống kê các nguồn gây ô nhiễm thải vào lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy. Tại các cơ sở sản xuất có nguồn thải (đặc biệt là nước thải), các cơ quan chức năng sẽ thống kê số lượng các nguồn thải, điểm xả thải, lưu lượng, mức độ ô nhiễm, hạ tầng xử lý nước thải, các giải pháp xử lý... theo phương thức điều tra bằng phiếu thu thập thông tin và lấy mẫu một số nguồn thải chính vào lưu vực. Sau đó sẽ nghiên cứu xây dựng quy hoạch, kế hoạch bảo vệ môi trường.

TP cũng sẽ tiếp tục xử lý các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng trên địa bàn theo Quyết định số 64 của Thủ tướng Chính phủ. Hiện tại, trong tổng số 25 cơ sở (trong đó có 9 cơ sở của Hà Tây cũ) phải xử lý triệt để ô nhiễm; đến nay đã có 14 cơ sở hoàn thành việc xử lý ô nhiễm triệt để hoặc không còn gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng; 11 cơ sở còn lại đã và đang thực hiện một số biện pháp xử lý ô nhiễm môi trường hoặc tiến hành di chuyển.

TP sẽ có giải pháp hỗ trợ đối với các cơ sở gặp khó khăn khi xây dựng công trình xử lý hoặc di chuyển, đồng thời tiếp tục kiểm tra, thanh tra và xử lý các cơ sở mới phát sinh.