Theo kết quả giám sát của HĐND tỉnh Khánh Hòa, hiện tại thành phố Nha Trang có trên 4.000 doanh nghiệp vừa và nhỏ được cấp phép kinh doanh. Trong đó, không ít cơ sở sản xuất vốn hình thành từ nhiều năm trước (khi dân cư còn thưa thớt), nay trước tốc độ đô thị hoá nhanh đã lọt thỏm giữa các khu dân cư, gây ra tình trạng ô nhiễm môi trường khá nghiêm trọng.

Nổi cộm là 48 cơ sở chế biến thuỷ hải sản và giết mổ gia súc, gia cầm xen lẫn trong các khu dân cư, từ lâu đã gây nên tình trạng hôi thối, ô nhiễm nguồn nước. Riêng tại phường Phước Hải có 12 cơ sở giết mổ gia súc bị người dân trong khu vực phản ứng gay gắt, nhưng đến nay vẫn tồn tại.

Bãi kinh doanh than Bình Tân gây ô nhiễm không khí khá nặng, buộc phải chuyển đến đến xã Phước Đồng, nhưng đã quá thời hạn mà địa điểm mới chưa giải quyết xong vấn đề đền bù giải toả để có đất thực hiện.

Ngoài ra, bãi rác thải phía bắc thành phố Nha Trang, còn gọi bãi rác Rù Rì (thuộc địa bàn xã Vĩnh Lương) đã nằm trong kế hoạch đóng cửa vì quá tải. Nhưng theo dự án cải thiện môi trường Nha Trang thì đến năm 2010 bãi rác Lương Hoà mới được xây dựng hoàn thiện và đi vào hoạt động để thay thế. Do đó thành phố vẫn còn phải sử dụng bãi rác Rù Rì đến năm 2010.

Nhà máy điện Chụt (thuộc phường Vĩnh Nguyên) có độ ồn vượt mức cho phép, với hình thức xử lý được xác định là di chuyển đến nơi khác. Tuy nhiên, hiện nhà máy chỉ đóng cửa tạm thời, nhưng những lúc cao điểm về nhu cầu cung cấp điện, nhà máy vẫn phải hoạt động.