Nội dung kiểm tra tập trung vào các vấn đề: Hồ sơ pháp lý, việc thực hiện các quy chế chuyên môn, đặc biệt là vi phạm thầy thuốc vừa khám bệnh, kê đơn, vừa bán thuốc tại các cơ sở hành nghề y tư nhân sẽ bị xử lý nghiêm.

Đối với các cơ sở hành nghề dược tư nhân sẽ tập trung kiểm tra nguồn thuốc mua thông qua các hoá đơn chứng từ, thực hiện các quy chế quản lý thuốc gây nghiện, thuốc độc, niêm yết giá và bán thuốc theo đơn các loại thuốc quy định... Các đội đặc nhiệm sẽ tiến hành thanh tra đột xuất tại các loại hình hành nghề y tư nhân bao gồm cả các cơ sở có vốn đầu tư nước ngoài.