Ông Lê Thiết Hùng - Chánh Thanh tra Sở GDĐT Hà Nội - cho biết, sau khi Thanh tra Sở GDĐT Hà Nội có kết luận thanh tra số 1679, ngày 1.12.2008 "giải quyết đơn tố cáo của công dân tại Trường THPT Vân Tảo" thì GV Đỗ Việt Khoa tiếp tục có đơn khiếu nại kết luận này, đồng thời kiến nghị Sở GDĐT thanh tra lại một số nội dung đã được xác minh và kết luận.
 
Sau khi xem xét báo cáo kết quả thanh tra, Sở GDĐT kết luận: Giữ nguyên kết luận thanh tra số 1679. Riêng nội dung "thu - chi sai nguyên tắc và không công khai", đoàn thanh tra kết luận: "Đơn tố cáo ông Trung (Hiệu trưởng Trường THPT Vân Tảo - PV) không hề báo cáo công khai khoản thu trên là chưa đúng, vì đây là khoản thu của Hội Cha mẹ HS... 

Hoạt động của Ban đại diện cha mẹ HS đến khi kết thúc năm học 2006 - 2007, các chứng từ thu - chi khi đã được công khai, không có ý kiến thắc mắc, Hội Phụ huynh HS đã tự giải tán và không lưu giữ hồ sơ; do vậy, Đoàn thanh tra thấy không có cơ sở để kết luận".

Đối với đơn đề nghị thanh tra bổ sung của GV Đỗ Việt Khoa, nội dung về việc "nhà trường chưa hoàn trả HS tiền quỹ xây dựng, có dấu hiệu chiếm đoạt", thanh tra kết luận: "Trường THPT Vân Tảo không trả lại tiền đóng góp xây dựng là không sai. Người tố cáo sai, phải chịu trách nhiệm".

Nội dung đơn về "tổ chức thi thử thu tiền", kết luận thanh tra: "Việc tổ chức thi thử cho HS để HS làm quen với thi cử là có tác dụng góp phần nâng cao tỉ lệ HS tốt nghiệp... Tuy vậy, tổ chức thi thử cho HS 2 lần trong một khoảng thời gian ngắn là không cần thiết. Ban đại diện phụ huynh HS nhà trường và nhà trường cần rút kinh nghiệm".

Việc đơn nêu "Có dấu hiệu tổ chức HS học thêm trái phép, ép buộc HS học thêm trái phép, lừa HS học thêm", trong kết luận của thanh tra có nêu: "Việc thu tiền dạy thêm, học thêm cao hơn quy định là sai, tập thể lãnh đạo và cá nhân ông hiệu trưởng chịu trách nhiệm...".

Về nội dung đơn nêu việc Trường THPT Vân Tảo "tiếp tục thu tiền trái quy định hàng trăm triệu đồng", kết luận thanh tra nêu: "Ban đại diện cha mẹ HS và lãnh đạo Trường THPT Vân Tảo cần rút kinh nghiệm trong một số mục chi...".
 
Bên cạnh các nội dung trên, đoàn thanh tra đề nghị kiểm tra toàn bộ tài chính thu - chi của trường Vân Tảo từ năm học 2007 - 2008 và 2008 - 2009... Trong kết luận, Thanh tra Sở GDĐT Hà Nội có nêu kiến nghị và biện pháp xử lý: Giao Phòng Tổ chức cán bộ, Phòng Kế hoạch - Tài chính, Phòng GD trung học đề xuất biện pháp xử lý đối với các sai phạm của Hiệu trưởng Trường THPT Vân Tảo và sai phạm của những người có liên quan; yêu cầu Trường THPT Vân Tảo và Ban đại diện cha mẹ HS cần kiểm điểm, rút kinh nghiệm về các khoản thu - chi và công tác quản lý để nhà trường đi vào ổn định.