Theo lời kể của các hành khách, chừng 20 phút sau khi máy bay cất cánh khỏi sân bay thành phố Nyala ở Darfur, hướng tới thủ đô Khartoum, có 2 người đàn ông Sudan rút súng lục ra đe doạ rằng trên máy bay có thuốc nổ và sẽ cho nổ tung tất cả.

Nhóm bắt cóc ập vào buồng lái, chiếm quyền kiểm soát. Sau khi bay gần cạn nhiên liệu, chúng buộc phải hạ cánh xuống sân bay Kufra của Libya. Tại đây, hành khách đã phải trải qua một đêm thảm kịch "không di chuyển, không cả đi vệ sinh, không nước uống, không gì cả" trong cái nóng khủng khiếp do điều hoà  bị hỏng, khiến người lớn thì nôn mửa, trẻ em đi vệ sinh bừa bãi...

Ngay khi vừa hạ cánh, máy bay đã bị 500 nhân viên an ninh và cảnh sát Libya vây chặt, trong khi các nhà thương thuyết cố gắng giải thoát hành khách. Lúc đầu, 2 tên không tặc từ chối đàm phán trực tiếp với giới chức Libya và không thả phi hành đoàn, mà đòi được cung cấp bản đồ và tiếp nhiên liệu bay tới Paris. Sau đó, yêu sách của chúng giảm xuống, xin được tị nạn tại Libya rồi chấp nhận thả toàn bộ hành khách cùng phi hành đoàn và đầu hàng.

Hiện 2 tên không tặc vẫn đang bị giam giữ chờ thẩm vấn, tên của chúng chưa được tiết lộ trong khi vụ việc đang được điều tra. Có tin nói, nhiều khả năng còn những tên không tặc khác đã trà trộn vào hành khách được giải thoát để trốn ra ngoài. Tổng thống Sudan  Omar al-Bashir gọi vụ không tặc này là "hành động khủng bố ti tiện". Còn Bộ Ngoại giao Sudan thì kêu gọi Libya dẫn độ các thủ phạm này về nước để bị xét xử.