Biện pháp trước hết là đầu tư xây dựng nhanh hệ thống thủy lợi phục vụ nuôi trồng thủy sản nước ngọt, mặn, lợ; phổ biến rộng Luật bảo vệ môi trường và các qui định về kiểm soát chất thải; tăng cường thanh tra, kiểm tra, xử lý nghiêm các cơ sở, cá nhân gây ô nhiễm môi trường; tích cực vận động nhân dân tham gia bảo vệ môi trường, đặc biệt là môi trường nuớc.

Nuôi trồng thủy sản ở ĐBSCL đang trở thành một trong những ngành chủ lực, có vị trí quan trọng góp phần chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp, thúc đẩy kinh tế nước nhà phát triển. Tuy nhiên, sự phát triển mạnh mẽ nuôi trồng thủy sản, nhất là nuôi thủy sản nước ngọt đã gây ô nhiễm với qui mô ngày càng lớn, đa dạng. Ô nhiễm môi trường cục bộ tại các vùng nuôi thủy sản xảy ra tương đối phổ biến.

Trong quá trình nuôi, người nuôi đã xả nước trong ao hồ ra sông ngòi. Lượng cá tôm càng lớn thì chất thải càng nhiều, nước thải, bùn chứa phân của các loại thủy sản, thức ăn dư thừa bị thối rữa, chất tồn dư của các loại vật tư sử dụng trong nuôi trồng như hóa chất, vôi, chất khóang, khí hữu cơ, khí vô cơ H2S, NH3... từ nơi nuôi xả ra sông rạch càng gây ô nhiễm cao.

Nghiêm trọng hơn là việc nuôi với kỹ thuật cao, mật độ lớn như nuôi theo hình thức thâm canh, công nghiệp thì nguồn thải ra càng lớn. Qua kiểm tra mẫu nước ở nhiều nơi cho thấy hầu hết các ao nuôi cá, tôm đều có dấu hiệu ô nhiễm hữu cơ như COD, BOD, Ni tơ, Phốt pho cao hơn tiêu chuẩn cho phép, tác động bất lợi đến hệ sinh thái.