Với tỷ lệ số thu nộp ngân sách nhà nước chiếm gần 30%, ngành Hải quan luôn ý thức được vai trò quan trọng của hệ thống quản lý và thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các loại phí liên quan khác đối với sự phát triển của kinh tế đất nước.

Ngày 7.3.1994, Chính phủ ban hành Nghị định 16/CP về việc quy định chức năng, nhiệm vụ và tổ chức bộ máy của Tổng cục Hải quan trong đó đã quyết định việc thành lập Cục Kiểm tra thu thuế XNK- cơ quan tiền thân của Vụ Kiểm tra thu thuế XNK ngày nay. Tại các Cục Hải quan tỉnh, thành phố cũng đã hình thành hệ thống các đơn vị (theo ngành dọc) để thực hiện nhiệm vụ quan trọng này.

Các thế hệ cán bộ làm công tác quản lý thuế của ngành Hải quan đã tham mưu các giải pháp khai thác nguồn thu, chống thất thu ngân sách hiệu quả, góp phần giúp ngành Hải quan thực hiện thắng lợi nhiệm vụ được giao nói chung và kế hoạch thu trong 15 năm liên tục; triển khai áp dụng Hiệp định trị giá GATT, Công ước Hài hòa về Mô tả và Mã hóa hàng hóa (Công ước HS); chủ trì kiến nghị áp dụng cơ chế tự khai tự tính tự nộp thuế khi xây dựng Luật Hải quan, áp dụng điều kiện để được ân hạn thuế khi sửa đổi Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hiện hành; thực hiện tốt Luật Quản lý thuế...

Đối với hệ thống quản lý thuế hải quan trong năm 2010, mục tiêu trước mắt là thực hiện thắng lợi nhiệm vụ thu ngân sách, phấn đấu đạt 142.000 tỷ đồng. Bên cạnh đó, ngành Hải quan sẽ tiếp tục tháo gỡ kịp thời những vướng mắc phát sinh liên quan đến công tác quản lý thuế, chế độ kế toán thuế, chế độ hoàn thuế, miễn thuế... thuộc chức năng quản lý của Ngành và mở rộng triển khai thí điểm công tác phối hợp nhờ thu qua các Ngân hàng thương mại có năng lực, phù hợp với tiến trình hiện đại hoá của ngành Hải quan.

Theo kế hoạch công tác 2010 đã được thông qua, ngành Hải quan sẽ tiếp tục đẩy mạnh thực hiện các biện pháp chống gian lận qua mã số, số lượng, định mức, miễn thuế hàng đầu tư và qua thanh khoản đối với hàng gia công, sản xuất xuất khẩu; tập trung xử lý nợ đọng thuế, đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế, phân loại nợ thuế theo các tiêu thức khác nhau để quản lý chặt chẽ theo từng loại nợ, xây dựng cơ chế quản lý nợ thuế...