Theo kết quả thanh tra, dưới sự chỉ đạo trực tiếp của ông Phúc, trong thời gian từ năm 2003 đến 2005, TTKN tỉnh Trà Vinh đã quyết toán khống các mô hình từ nguồn vốn do TTKN quốc gia cấp và sử dụng các nguồn tiền khác để lập quỹ trái phép, với số tiền hơn 358 triệu đồng, riêng ông Phúc chiếm đoạt hơn 31 triệu đồng.

Ngoài ra, trong việc thực hiện 7 đề tài về nuôi trồng thuỷ sản, tập huấn kỹ thuật... bằng nguồn vốn do Sở Khoa học - Công nghệ cấp trên 1,4 tỉ đồng, TTKN cũng đã vi phạm các nguyên tắc tài chính lên đến 794 triệu đồng. Trong đó: Quyết toán khống trên 607 triệu đồng... Trong số tiền quyết toán khống đó, ông Phúc đã bỏ túi trên 299 triệu đồng. Ngoài ra, ông Phúc còn cùng người thân trong gia đình nợ, chiếm dụng vốn của đơn vị hơn 160 triệu đồng... Theo kết luận thanh tra, tổng số tiền sai phạm tại TTKN Trà Vinh trên 2.548 triệu đồng.

Cơ quan thanh tra kết luận: Ông Phúc có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn để vụ lợi, làm trái các nguyên tắc quản lý tài chính, lập chứng từ quyết toán khống với số tiền trên 964 triệu đồng; có dấu hiệu tham ô 374 triệu đồng. Cùng bị đề nghị xử lý với ông Phúc còn có các cán bộ nguyên là PGĐ, kế toán của TTKN.

Đoàn thanh tra đã đề nghị có hình thức xử lý đối với ông Trần Văn Liền - nguyên PGĐ TTKN - vì đã đồng tình với GĐ trong việc lập quỹ trái phép. Đối với PGĐ Huỳnh Kim Nhân, đoàn thanh tra đề nghị xử lý nghiêm khắc vì đã vi phạm nguyên tắc quản lý tài chính hơn 1,04 tỉ đồng... Nguyên PGĐ Trần Văn Dũng (nay là GĐ Trung tâm giống) cũng bị đề nghị kiểm điểm trách nhiệm vì là PGĐ trực nhưng đã duyệt chi quỹ trái phép hơn 63 triệu đồng...

Ông Trương Hoàng Vũ - nguyên kế toán và bà Nguyễn Thị Bích Thuỷ - kế toán TTKN, bị đề nghị xử lý vì đã đồng tình với GĐ trong việc lập chứng từ khống để quyết toán, lập quỹ trái phép, chi sai nguyên tắc tài chính, làm thiệt hại nghiêm trọng ngân sách nhà nước với tổng số tiền sai phạm lên đến 2.548 triệu đồng...