Theo đó, Phó Thủ tướng Chính phủ Hoàng Trung Hải làm Trưởng ban; Bộ trưởng Xây dựng Nguyễn Hồng Quân làm Phó Trưởng ban thường trực; Bộ trưởng Giao thông vận tải Hồ Nghĩa Dũng làm Phó Trưởng ban và 16 Ủy viên là cán bộ lãnh đạo của các Bộ, ngành, địa phương liên quan.

Trước đó, tại Quyết định số 118/2003/QĐ-TTg ngày 11.6.2003, Thủ tướng Chính phủ đã giao Ban Chỉ đạo các nhiệm vụ sau: Chỉ đạo công tác quy hoạch và đầu tư xây dựng; Chỉ đạo việc thẩm định và đề xuất các cơ chế, giải pháp đặc thù trong quá trình thực hiện; Chỉ đạo việc hợp tác với các tổ chức, các chuyên gia trong nước và nước ngoài để nghiên cứu, thực hiện quy hoạch và quản lý đầu tư xây dựng trong vùng Thủ đô Hà Nội; Kiểm tra, đôn đốc các Bộ, ngành, địa phương liên quan trong quá trình thực hiện.