Cùng với việc đánh giá thành tựu và tồn tại trong công tác quản lý tài nguyên môi trường nói chung, Bộ TNMT cho biết: Nguồn nước sông Tiền, sông Hậu và các cửa sông thông ra biển đã có các dấu hiệu nhiễm bẩn chất hữu cơ và vi sinh. Kết quả quan trắc môi trường nước cho thấy nhiều chỉ tiêu bị nhiễm bẩn như BOD, COD, Coliform, H2S, NH4, phen sắt.

Nguyên nhân chính do các nguồn thải sản xuất công nghiệp đô thị và các khu dân cư, nguồn thải nuôi trồng thuỷ sản, sản xuất nông nghiệp chưa xử lý triệt để mà để thải vào hệ thống sông rạch.

Ngoài ra, nguồn nước ngầm được khai thác và sử dụng phục vụ sinh hoạt, sản xuất chưa được kiểm soát chặt chẽ đã làm cho nguồn tài nguyên này bị sụt giảm ở một số nơi, bị nhiễm bẩn. Sự xâm nhập mặn, phèn trong các tầng khai thác còn phỏ biến ở một số địa phương. Hiện vùng tây Nam bộ còng từ 20 - 30% số hộ chưa có nước sạch sử dụng.

Hiện nguồn nước ngầm nhiễm asen đã xuất hiện tại các tỉnh Đồng Tháp, Long An, Kiên Giang, An Giang. Tình trạng ô nhiễm môi trường do nguồn nước thải sinh hoạt, sản xuất, mặn hoá, phèn hoá trong hệ thống canh tác nông lâm ngư nghiệp... vùng Tây Nam bộ là vấn đề cấp bách chưa được giải quyết triệt để.

Vấn đề nước thải, rác thải sinh hoạt, rác công nghiệp, chất thải trong hệ thống canh tác nông nghiệp, làng nghề... chưa được xử lý cũng tác động xấu đến sức khoẻ người dân, gây ra dịch bệnh trong nuôi trồng thuỷ sản, gia súc gia cầm.. đe doạ đến sự phát triển bền vững khu vực này.