Sau 3 năm thí điểm ở hệ THPT ở một số trường, đến năm học 2006-2007, việc PB được tiến hành đại trà trong phạm vi cả nước. Tuy nhiên, ngay từ những năm đầu tiên này, việc PB đã không diễn ra theo ý đồ chỉ đạo của những tác giả đã sản sinh ra nó, mà nó tự phát chạy theo khối thi đại học giống như thời kỳ trước. Nhà giáo Trần Hữu Trù đã phân tích từ thực tế để đưa ra lời đề nghị có nên tồn tại chương trình PB ở bậc học THPT?.
Thực tế xa vời với chủ trương
Năm học 2006-2007 - năm đầu tiên triển khai việc PB, nhưng HS đã không đăng ký theo tỉ lệ đã ấn định của Bộ GDĐT, chỉ có 19,7% số HS lựa chọn ban KHTN (A); 6,47% số HS lựa chọn ban KHXH&NV (C) đã buộc Bộ GDĐT phải mở thêm một ban mới - ban cơ bản (CB) mà cả GV và HS đều gọi là ban "lưỡng tính" để đáp ứng đại đa số nhu cầu HS không đăng ký học ban A, C.
Như vậy, chủ trương của việc PB nhằm để HS thi đại học nên HS học PB đều phải học chương trình nâng cao (NC) như ban KHCB + NC KHTN chiếm 42,4%, ban KHXH&NV nâng cao chiếm 24,4%, ban KHCB không nâng cao 33,2%. Ngoài ra còn có các hình thức học tự chọn 1-2 môn. Việc dạy tự chọn mỗi trường một kiểu tự biên tự diễn theo yêu cầu của HS và điều kiện về GV và cơ sở vật chất của mỗi trường.
Theo thống kê của Sở GDĐT TPHCM, có 4,46% số HS chọn ban A, 0,14% chọn ban B, còn 95,4% chọn ban KHCB. Như vậy, phân ban THPT có cũng như không. Ông Nguyễn Quý Đôn - Phó Giám đốc Sở GDĐT Cần Thơ - ví von rằng ban KHCB như "bát cháo trắng chưa nêm", HS muốn ăn ngọt thì nêm ngọt, muốn ăn mặn thì nêm mặn - nghĩa là học ban cơ bản, nhưng HS nào muốn nghiêng về tự nhiên hay xã hội thì học nhiều hơn về hướng đó. Ban cơ bản thực ra là không phân ban gì!
Đến lúc đoạn tuyệt với phân ban
Tuy nhiên, mục đích học THPT của HS là học lên đại học, vì thế ban KHCB lại được nhiều trường chia ra như sau:
Ban KHCB 1 học theo chương trình chuẩn cộng với các môn tự chọn toán, lý, hoá theo chương trình NC. Ban KHCB 2 học theo chương trình chuẩn cộng với các môn tự chọn toán, văn, tiếng Anh theo chương trình NC. Ban KHCB 3 theo chương trình chuẩn tất cả các môn. Các môn học theo chương trình NC được tăng tiết vào giờ tự chọn.
Câu hỏi mà dư luận đặt ra, việc phân ban có đảm bảo được mục đích giáo dục toàn diện ở bậc học THPT? Rõ ràng là không. Hiện tượng sa sút ở các môn học như văn, sử, địa trong các kỳ thi vừa qua đã chứng tỏ điều đó. Thậm chí hiện nay đã có trường THCS cũng chia các lớp 6,7,8,9 thành những lớp chuẩn, lớp NC.
Việc cùng một cấp học, một lớp học vừa có chương trình chuẩn, vừa có chương trình NC làm cho việc dạy và học trong nhà trường trở nên phức tạp, căng thẳng, nặng nề. Mấy năm nay, các kỳ thi tốt nghiệp THPT, thi tuyển đại học, cao đẳng, một số môn thi lại có phần riêng dành cho HS học ban CB và HS học theo chương trình NC.
Trước kỳ thi, Bộ GDĐT đã phải tốn nhiều công sức giải thích trên các phương tiện thông tin, song vẫn còn không ít thí sinh nhầm lẫn khi làm bài gây thiệt thòi cho các em. Với kiểu cách dạy và học như hiện nay mà lại muốn có một kỳ thi "2 trong 1" vừa là kỳ thi tốt nghiệp THPT, vừa là để xét tuyển vào cao đẳng, đại học thì không thể thực hiện được, vì nội dung của đề thi không thể đảm bảo sự công bằng giữa những HS chỉ học ban CB với những HS học chương trình nâng cao...
Chỉ khi cả nước có một chương trình chuẩn thống nhất, tất cả HS được học theo chương trình chuẩn ấy và làm một đề thi theo chương trình ấy, thì mới bảo đảm được sự công bằng trong việc đánh giá tốt nghiệp THPT và xét tuyển vào đại học, cao đẳng.