Bên cạnh đó, từ thực tiễn thi hành Luật Giáo dục cũng bắt đầu xuất hiện một số vấn đề cần được xem xét, xử lý. 

Theo ông Nguyễn Anh Dũng - Phó Viện trưởng Viện Chiến lược và chương trình giáo dục thì một trong những quy định không khả thi, chưa phù hợp với thực tiễn hoạt động giáo dục là việc miễn giảm học phí đối với sinh viên (SV) sư phạm. Việc miễn giảm này lúc đầu thực hiện tốt, nhưng nay không còn phù hợp do công tác đào tạo và phân công công tác sau khi tốt nghiệp còn nhiều bất cập.

Ông Nguyễn Văn Vui, Phó Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ, Bộ GDĐT kiến nghị bỏ quy định loại hình trường mầm non dân lập. Và có thể bỏ loại hình dân lập ở ngành học mầm non (MN) như các cấp học khác vì "Các cơ sở giáo dục MN dân lập và bán công hiện nay tuy tên gọi khác nhau nhưng thực chất là một loại hình cơ sở giáo dục bán công do Nhà nước và nhân dân cùng đầu tư, trong đó Nhà nước vẫn giữ vai trò chính...".

Theo ông Chu Hồng Thanh, Vụ trưởng Vụ Pháp chế, Bộ GDĐT thì "công tác soạn thảo văn bản quy phạm pháp luật theo kế hoạch chưa đáp ứng được yêu cầu đã đề ra.

Ngay cả các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến giáo dục các bậc học đang hiện hành, hay một số văn bản dù mới được ban hành nhưng cũng đã nảy sinh những bất cập, ảnh hưởng không nhỏ đối với hiệu quả thi hành Luật Giáo dục.