Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, dự án này đã bộc lộ nhiều bất cập, lãng phí, không phát huy hiệu quả sử dụng và có biểu hiện tham nhũng trong đầu tư công trình!

Dự án KCN Hoà Hiệp 1 được xây dựng trên diện tích 101,5ha ở huyện Đông Hoà với tổng mức dự toán đầu tư hơn 68 tỉ đồng, nhưng khi xây dựng, tổng dự toán đã "đội" lên đến 99,528 tỉ đồng (tăng gần 1,46 lần).

Điều đáng nói là, UBND tỉnh Phú Yên đã ra các quyết định phê duyệt đấu thầu mà không có sự uỷ quyền hoặc cho phép của Thủ tướng CP là hoàn toàn sai trái với Nghị định 88/NĐ-CP của Chính phủ về ban hành quy chế đấu thầu là: "Thủ tướng Chính phủ phê duyệt hoặc uỷ quyền phê duyệt kế hoạch đấu thầu các dự án nhóm A và tương đương".

Qua kiểm tra dự án này, UBND tỉnh Phú Yên đã "hợp thức hoá" quy trình đầu tư không thông qua đấu thầu bằng cách lấy 8 hạng mục công trình của dự án thuộc giai đoạn 2, 3 với tổng giá trị hơn 41,173 tỉ đồng chia thành 70 gói thầu nhỏ có giá trị dưới 1 tỉ đồng để chỉ định thầu! Cụ thể như hạng mục trạm xử lý nước thải giá trị dự toán 5,175 tỉ đồng được chia thành 8 gói thầu để chỉ định thầu; đường nội bộ giá trị dự toán 10,832 tỉ đồng được chia thành 18 gói thầu; hạng mục thoát nước mưa giá trị dự toán 8,912 tỉ được chia nhỏ thành 14 gói thầu...

Một số hạng mục được chủ đầu tư tự ý ký kết hợp đồng thi công và nghiệm thu thanh toán khối lượng hoàn thành trước khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt thiết kế kỹ thuật, dự toán và trước khi được chỉ định thầu!

Ví dụ như hạng mục đường dây 22kV trên không và toàn bộ lưới phía bắc và phía nam được thi công trước từ tháng 6.2001, nhưng thực tế đến tháng 5.2002 hạng mục này mới được phê duyệt thiết kế, dự toán và thời gian chỉ định thầu!

Đặc biệt, một số hạng mục có giá trị thanh toán vượt khối lượng nghiệm thu và thanh toán cao hơn giá trị chỉ định thầu. Điển hình như công trình nhà điều hành của Ban quản lý KCN với tổng dự toán hơn 3,291 tỉ đồng nhưng khi nghiệm thu được quyết toán lên đến 4,482 tỉ đồng! Hạng mục trạm xử lý nước thải giai đoạn 1 công suất 2.000 m3/ngày đêm với tổng dự toán hơn 4,403 tỉ đồng nhưng sau khi vận hành đưa vào khai thác chỉ xử lý đạt từ 200 - 250 m3/ngày đêm.

Trong khi việc đầu tư trạm xử lý nước thải giai đoạn 1 chưa phát huy hiệu quả thì UBND tỉnh lại cho phép tiếp tục đầu tư giai đoạn 2, 3 nâng công suất lên 4.000 mét khối/ngày đêm với tổng kinh phí dự toán lên đến 8,17 tỉ đồng nhưng trong quá trình thi công lại không thi công phần thiết bị (hơn 2,9 tỉ đồng) nên không thể đưa vào vận hành khai thác, gây lãng phí rất lớn!

Cơ sở hạ tầng KCN Hoà Hiệp 1 được đầu tư tương đối hiện đại, nhưng qua gần 6 năm đưa vào hoạt động, chỉ có 18 doanh nghiệp đăng ký đầu tư. Trong đó có 14 doanh nghiệp đã hoạt động sản xuất với diện tích đất thực tế sử dụng hơn 17,5ha, chỉ chiếm 28,5% so với tổng diện tích đất đã quy hoạch dùng vào việc xây dựng! Điều đáng buồn là, trong số 14 doanh nghiệp đang hoạt động nói trên có số vốn đăng ký hơn 331 tỉ đồng và 9,76 triệu USD nhưng thực tế các chủ doanh nghiệp cũng chỉ đầu tư 233 tỉ đồng và 2,7 triệu USD; và hiện chỉ có 6 doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh có hiệu quả, nộp cho ngân sách địa phương chỉ từ hơn 4 tỉ đến 10,5 tỉ đồng/năm.

Từ thực tế trên cho thấy có quá nhiều sai phạm trong đầu tư cơ sở hạ tầng KCN Hoà Hiệp 1, dẫn đến lãng phí, không mang lại hiệu quả kinh tế và có biểu hiện tham nhũng!