Theo cáo trạng, ngày 16.12.2005, Cơ quan CSĐT tội phạm về trật tự xã hội (C14) Bộ CA quyết định khởi tố vụ án hình sự về tội "đánh bạc"; ngày 6.1.2006 quyết định bổ sung quyết định khởi tố vụ án về tội "tổ chức đánh bạc".
Tiếp đó, vụ án được khởi tố bổ sung tội danh "Cố ý làm trái ...", "đưa hối lộ" và "nhận hối lộ" xảy ra tại PMU18, Bộ Giao thông Vận tải.
Ông Phạm Xuân Quắc khi đó là Cục trưởng C14 được giao nhiệm vụ Trưởng ban chuyên án trực tiếp chỉ đạo điều tra vụ án PMU18; ông Đinh Văn Huynh là Trưởng phòng 9, C14 được giao nhiệm vụ trực tiếp tổ chức điều tra vụ án.
Quá trình điều tra vụ án, nhất là trong thời gian từ tháng 1-6.2006, đã có những thông tin liên quan đến vụ án bị lộ, lọt ra ngoài và được đăng tải trên một số tờ báo.
Theo cáo trạng, các bị can Phạm Xuân Quắc, Đinh Văn Huynh trong thời gian được giao nhiệm vụ chỉ đạo và tổ chức điều tra vụ án, ngoài việc để các phóng viên tự do vào cơ quan, nắm được kế hoạch làm việc của điều tra viên, các bị can còn trực tiếp quan hệ, tiếp xúc với phóng viên các báo tại phòng làm việc, tại nhà riêng, gọi điện thoại và tiết lộ thông tin liên quan đến vụ án cho báo chí đăng tải. Trong đó có những tài liệu chỉ là tài liệu ban đầu chưa được thẩm tra xác minh.
Các bị can Phạm Xuân Quắc và Đinh Văn Huynh còn sử dụng tài liệu chưa được thẩm tra xác minh để báo cáo thông tin sai sự thật lên cấp trên gây hiểu lầm trong nội bộ. Theo VKSNDTC, hành vi của hai bị can này phạm vào tội "Cố ý làm lộ bí mật công tác" quy định tại khoản 2, Đ286 Bộ luật Hình sự (có khung hình phạt từ 2-7 năm tù).
Với hai bị can Nguyễn Việt Chiến (PV Báo Thanh Niên) và Nguyễn Văn Hải (PV Báo Tuổi Trẻ TPHCM), khi nhận được thông tin từ cơ quan điều tra hoặc từ các báo khác đã dựa vào đó đưa thêm những thông tin nhạy cảm không có thực, bình luận về các nội dung không có trong hồ sơ vụ án. Hai bị can này đã phạm vào tội "Lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, công dân" quy định tại khoản 2, Đ258 Bộ luật Hình sự (có khung hình phạt từ 2-7 năm tù).
Cũng theo cáo trạng, có 27 người thuộc danh sách những người cần triệu tập ra toà, trong đó có 25 nhà báo và 2 cán bộ Cục C14 - Bộ Công an.