Theo báo cáo của Sở NN-PTNT, kết quả quan trắc thời gian qua cho thấy chất lượng nguồn nước các kênh An Hạ, kênh B, kênh C... có nhiều thông số (COD, BOD, Coliforms...) vượt tiêu chuẩn cho phép từ vài lần đến hàng chục ngàn lần. Nguồn nước kênh B, kênh C thường xuyên có màu đen và bốc mùi hôi thối, chủ yếu bị ảnh hưởng bởi hoạt động sản xuất xả thải của các doanh nghiệp thuộc KCN Lê Minh Xuân.
Ngoài "thủ phạm" là KCN Lê Minh Xuân, hệ thống kênh rạch tại đây còn phải gánh chịu chất thải từ bãi rác Đa Phước, chợ đầu mối nông sản Bình Điền và nước thải từ các quận Bình Tân, Tân Bình, Tân Phú, Củ Chi...
Hiện, trên địa bàn huyện Bình Chánh có tổng cộng 55 tuyến sông, kênh, rạch và hầu hết đang ở trong tình trạng nhiễm bẩn trầm trọng.