Theo Bộ Xây dựng, sự cố cầu Cần Thơ đã làm chậm tiến độ thi công các gói thầu của dự án; đồng thời, các gói thầu được thi công vào thời gian giá vật liệu xây dựng có biến động lớn. Thủ tướng Chính phủ, Bộ Xây dựng đã có nhiều văn bản hướng dẫn điều chỉnh giá hợp đồng.
Bộ Xây dựng cho rằng: Để đẩy nhanh tiến độ thi công cầu Cần Thơ, Bộ GTVT cần chỉ đạo Ban quản lý dự án Mỹ Thuận rà soát, tính toán lại giá hợp đồng xây dựng, giá dự toán, giá gói thầu, tổng mức đầu tư để xem xét, trên cơ sở phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm việc với nhà tài trợ bổ sung vốn (nếu cần thiết).