DA đầu tư xây dựng cầu Bãi Cháy do Bộ Giao thông Vận tải làm chủ đầu tư. Ban quản lý các DA 18 (PMU18) gồm Bùi Tiến Dũng; Phạm Tiến Dũng, được giao trực tiếp điều hành quản lý DA.
DA cầu Bãi Cháy được chia làm 3 gói thầu, theo đơn giá bỏ thầu, gói thầu BC1, BC3 có tổng mức đầu tư 1.374 tỉ đồng (sau được nâng lên hơn 1.800 tỉ đồng) bằng vốn vay của Nhật Bản và vốn từ ngân sách nhà nước. Ơ mỗi gói thầu ( BC 1, BC 3) được sự dụng 14 nhân viên tư vấn bổ sung (NVTVBS) làm việc trong 28 tháng với tổng số tiền lương phải trả là 1,57 tỉ đồng. Riêng gói thầu BC 2 được sử dụng tới 21 NVTVBS làm việc trong thời gian 42 tháng, tổng số tiền lương phải trả là 6,1 tỉ đồng.
Theo phụ lục hợp đồng ký với các nhà thầu, PMU18 không được cung cấp NVTVBS cho các nhà thầu. Tuy nhiên, Phạm Tiến Dũng vẫn làm báo cáo và được Dũng "tổng" đồng ý cho lập danh sách khống một số NVTVBS gửi các nhà thầu để rút tiền lương từ danh sách khống này. Phạm Tiến Dũng thống nhất với Nguyễn Vũ Nam, Nghiêm Phú Sơn - Phó trưởng phòng PID 6 lập danh sách NVTVBS khống gửi các nhà thầu. Gói thầu BC2 được tuyển dụng 21 NVTVBS thì nhà thầu Nhật Bản trực tiếp tuyển dụng 6 người, còn lại 15 người do Phạm Tiến Dũng cùng Nghiêm Phú Sơn lập, trong đó chỉ có 7 người thật còn lại tên của 8 người khác là khống. Nhờ 8 người khống này, cả bọn rút được 1,15 tỉ đồng.
Tại gói thầu BC1, Phạm Tiến Dũng, Nguyễn Vũ Nam, phó trưởng phòng PID 6 thỏa thuận với Nguyễn Hữu Minh, GĐ ban điều hành gói thầu BC1 bàn việc lập danh sách khống. Cán bộ của PMU18 là Lê Minh Giang đã nghĩ ra tên của 9 người không có thực để hoàn thiện danh sách 14 NVTVBS. Từ tháng 3.2004 đến tháng 12.2006, Nguyễn Hữu Minh, GĐ nhà thầu BC1 đã chi trả 1,53 tỉ đồng tiền lương cho 14 NVTVBS. Minh chiếm hưởng 365 triệu đồng; một số nhân viên phòng PID 6 chiếm hưởng 737 triệu đồng. Trong số tiền này, PMU18 mới thanh toán cho nhà thầu BC1 1,12 tỉ đồng, trong đó có 819 triệu đồng lương khống, Nguyễn Hữu Minh chiếm hưởng 281 triệu đồng, PID 6 chiếm hưởng 538 triệu đồng.
Trong giai đoạn từ tháng 3.2004 đến tháng 2.2007, ông Nguyễn Hữu Long, GĐ nhà thầu BC 3, đã chi trả 1,54 tỉ đồng tiền lương cho 14 NVTVBS, trong đó có 1,18 tỉ đồng là tiền lương khống để Ban điều hành BC 3 chiếm hưởng 172 triệu đồng, PID 6 chiếm hưởng hơn 1 tỉ đồng. Ngoài ra, quá trình điều tra ông Đỗ Kim Quý, nguyên Phó TGĐ PMU18 cho biết: Vào tháng 5.2005, trước khi ông Đỗ Kim Quý nghỉ hưu, Bùi Tiến Dũng đã nói Phạm Tiến Dũng thu xếp cho ông Đỗ Kim Quý 500 triệu đồng để làm quà trước khi nghỉ hưu. Ông Quý dùng tiền này mua xe ôtô. Sau khi những sai phạm tại PMU18 vỡ lở, ông Quý đã nộp lại số tiền trên cho Cơ quan điều tra.
Cơ quan điều tra kết luận, Bùi Tiến Dũng phải chịu trách nhiệm về toàn bộ số tiền 3,43 tỉ đồng đã chi khống vì Bùi Tiến Dũng có chủ trương cho Phạm Tiến Dũng và phòng PID 6 lập khống danh sách NVTVBS để lấy tiền. Trong số tiền 3,43 tỉ có 2,73 tỉ Bùi Tiến Dũng trực tiếp ký chứng chỉ thanh toán. Ngoài ra, Bùi Tiến Dũng còn phải chịu trách nhiệm cá nhân số tiền 500 triệu đồng cho ông Đỗ Kim Quý và 100 triệu đồng chi tiếp các bạn học ở Quảng Ninh. Phạm Tiến Dũng cũng phải chịu trách nhiệm về toàn bộ số tiền 3,43 tỉ đồng vì Phạm Tiến Dũng là người tổ chức thực hiện việc lập khống danh sách từ đầu đến cuối.
Tổng cộng Cơ quan điều tra đề nghị truy tố 12 bị can, trong đó có 11 người bị đề nghị truy tố tội tham ô tài sản. Đó là: Bùi Tiến Dũng; Phạm Tiến Dũng; Nghiêm Phú Sơn (nguyên Phó phòng PID 6); Nguyễn Vũ Nam (nguyên Phó Trưởng phòng PID 6); Nguyễn Công Dũng (nguyên cán bộ phòng PID 6); Lê Minh Giang (phó trưởng phòng PID 5); Nguyễn Mạnh Hùng (cán bộ phòng PID 6); Nguyễn Hữu Minh (nguyên GĐ gói thầu BC 1, dự án xây dựng cầu Bãi Cháy); Nguyễn Việt Dũng (nguyên GĐ gói thầu BC 3); Nguyễn Hữu Long (nguyên GĐ gói thầu BC 3); Trần Đức Hùng (nguyên chánh văn phòng gói thầu BC 2). Ông Đỗ Kim Quý, nguyên Phó TGĐ PMU18 bị đề nghị truy tố tội "Không tố giác tội phạm" khi nhận 500 triệu đồng của Bùi Tiến Dũng.
Bùi Tiến Dũng chỉ bị truy tố về tội cố ý làm trái
Quyết định truy tố Bùi Tiến Dũng và 5 đồng phạm tại PMU18
Nguyên TGĐ PMU18 Bùi Tiến Dũng không được giảm án tù
Xét xử phúc thẩm vụ Bùi Tiến Dũng đánh bạc và đưa hối lộ