Thứ trưởng Bành Tiến Long khẳng định: Nội dung thi nằm trong chương trình THPT hiện hành, chủ yếu là chương trình lớp 12. Đề thi đáp ứng cho tất cả các đối tượng thí sinh học lớp 12 năm học 2008-2009. Thí sinh tự do thi cùng đề chung. Do đó, thí sinh tự do phải cập nhật, bổ sung kiến thức theo các hình thức khác nhau để chuẩn bị cho việc thi.

Đối với các môn: toán, vật lý, hoá học, sinh học, ngữ văn, lịch sử, địa lý, đề thi mỗi môn gồm 2 phần: Phần chung cho tất cả thí sinh, ra theo nội dung giống nhau giữa chương trình chuẩn và chương trình nâng cao; Phần riêng cho thí sinh học theo từng chương trình.

Thí sinh học chương trình nào chỉ được làm phần dành cho chương trình đó, thí sinh tự do được tự chọn làm một phần thích hợp. Nếu thí sinh làm cả hai phần riêng sẽ không được chấm. Riêng môn ngoại ngữ chỉ có một đề thi chung. Đề thi dành cho thí sinh theo học chương trình GDTX cấp THPT chỉ có một đề chung với tất cả các môn.

Các môn: Toán, ngữ văn, lịch sử, địa lý thi theo hình thức tự luận. Các môn: Vật lý, hoá học, sinh học, ngoại ngữ thi trắc nghiệm.