Nhận nhiệm vụ làm GĐ Bệnh viện HNVNCBĐH từ tháng 1.2002 đến hết năm 2006, BS Nguyễn Ngọc Tài luôn hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ.
Năm 2005, khi BV được nâng cấp, trong quá trình thi công một số hạng mục, BS Nguyễn Ngọc Tài và một số cán bộ BV phát hiện có dấu hiệu tư vấn thiết kế làm sai khối lượng, đã báo cáo lên cơ quan chuyên ngành và không chuyển tiền theo số lượng thẩm định, làm Nhà nước khỏi thiệt hại gần nửa tỉ đồng.
Trong kết luận thanh tra, vì là chủ đầu tư, nên BS Nguyễn Ngọc Tài cũng phải liên đới chịu trách nhiệm trong vụ việc này và nhận mức kỷ luật cảnh cáo về Đảng. Mức kỷ luật là quá nặng đối với BS Tài, vì từ người có công phát hiện thành người bị kỷ luật.
Đến khi chuyển cấp quản lý Bệnh viện HNVNCBĐH, từ BV thuộc tỉnh thành BV thuộc Sở Y tế; Trưởng ban Tổ chức Tỉnh uỷ gặp BS Tài nói rằng, vì BV thuộc Sở Y tế mà chức GĐ BV (cũ) của BS Tài lại ngang hàm với GĐ Sở Y tế, như thế là không phù hợp nên tỉnh sẽ bố trí BS Tài nhận công tác khác.
Ngày 21.11.2006, Chủ tịch UBND tỉnh ra Quyết định số 3196 để BS Tài thôi giữ chức GĐ BV, bố trí công tác khác. Lời hứa này được "treo" mãi cho tới ngày... BS Tài nhận được quyết định làm BS ở BV thành phố Đồng Hới!
Sau khi thôi chức, BS Tài viết giấy xin nghỉ phép và nghỉ bù và được người phụ trách BV đồng ý. Trong thời gian này, BS Tài đi Trung Quốc để dự một hội thảo khoa học do Cty dược Đông Á mời và đài thọ toàn bộ. Trở về, BS Tài lập tức bị kiểm điểm vì sao xuất cảnh khi chưa có ý kiến đồng ý của cấp trên.
Tại cuộc họp, sau khi phân tích mọi nhẽ, đã kết luận BS Tài "cần rút kinh nghiệm". Nhưng ngày 26.12.2006, ông Trần Công Thuật - Phó Chủ tịch UBND tỉnh - lại tổ chức bỏ phiếu kín hình thức kỷ luật. Kết quả là 23/39 phiếu đề nghị không kỷ luật.
Ngày 20.8.2007, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Trần Công Thuật làm công văn yêu cầu GĐ Sở Y tế ra quyết định điều BS Tài về BV Đa khoa thành phố Đồng Hới (ngày 11.9.2007). Điều đáng nói là việc điều động BS Tài lại đúng vào thời điểm Chủ tịch UBND tỉnh chấp hành chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ, đã ra chỉ thị số 1665, ngày 20.8 tạm dừng việc bổ nhiệm, tiếp nhận, điều động cán bộ công chức... (công văn thúc ép thuyên chuyển bác sĩ Tài của PCT Trần Công Thuật cũng đề ngày 20.8). Việc làm này đã bộc lộ dấu hiệu trù dập đối với BS Tài.