Ngày 11.9.2006, Văn phòng Chính phủ đã có công văn số 5035/VPCP-KG, thông báo ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Nguyễn Sinh Hùng, đồng kiến nghị của Bộ TNMT về các biện pháp khắc phục ô nhiễm môi trường sông Thị Vải.

Theo đó, tạm thời không cho phép đầu tư thêm 5 loại hình công nghiệp có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, gồm: Chế biến tinh bột sắn, chế biến mủ caosu, sản xuất hoá chất cơ bản (có phát sinh nước thải công nghiệp), nhuộm, thuộc da; đồng thời, hạn chế cấp phép đầu tư 5 loại hình công nghiệp có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cao gồm: công nghiệp xi mạ, chế biến thuỷ sản, sản xuất hoá chất bảo vệ thực vật (có phát sinh nước thải công nghiệp), sản xuất phân bón (có phát sinh nước thải CN) và sản xuất bột giấy trên lưu vực sông Thị Vải.

Tuy vậy ngày 20.11.2007, Sở TNMT tỉnh BRVT đã ban hành Quyết định số 394/STNMT.MT, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường cho dự án xây dựng nhà máy dệt kim do Cty TNHH Eclat Fabrics Việt Nam - có công suất 6.000 tấn/năm tại KCN Mỹ Xuân A2, trên cơ sở ý kiến thông qua của Hội đồng thẩm định trước đó 1 tháng. Sau đó, dự án được cấp phép triển khai và đến nay đã cơ bản hoàn thành việc xây dựng, dự kiến, quý I/2009 sẽ đi vào hoạt động.

Ngày 15.11.2007, Sở TNMT cũng đã ban hành quyết định số 355/STNMT.MT, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường đối với dự án sản xuất Tôn Hoa Sen tại KCN Phú Mỹ I có công suất sản xuất 680.000 tấn/năm, trong đó có dây chuyền mạ kẽm 500.000 tấn/năm! Hiện dự án này bị chậm và Sở TNMT đang sốt sắng "sửa sai" bằng việc đề nghị rút giấy phép.

Trong đợt thanh - kiểm tra công tác bảo vệ môi trường các dự án dọc sông Thị Vải vào tháng 10.2008, đoàn công tác của Bộ TNMT phát hiện ra việc cấp phép sai 2 dự án trên, nên đã yêu cầu UBND tỉnh BRVT kiểm điểm trách nhiệm tổ chức, cá nhân liên quan đến việc phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường 2 dự án trên.

Ngày 3.12.2007, ông Nguyễn Boa - Phó Giám đốc Sở TNMT tỉnh - đã ký văn số 3532/STNMT.BVMT về các biện pháp triển khai việc khắc phục ô nhiễm sông Thị Vải, gửi UBND tỉnh. Tại văn bản này, với tư cách là thường trực Hội đồng thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường, ông Nguyễn Boa chỉ thừa nhận là "có thiếu sót" và nguyên nhân là do "hiểu sai ý hiệu lực" của văn bản chỉ đạo của Phó Thủ tướng Nguyễn Sinh Hùng. Vì hiểu sai nên Hội đồng thẩm định đã thông qua báo cáo đánh giá tác động môi trường của 2 dự án dệt nhuộm và xi mạ, nằm trong danh mục không đầu tư dọc sông Thị Vải, đã tạo điều kiện cho 2 dự án này được cấp phép!

Tuy nhiên, công văn thông báo của Văn phòng Chính phủ có từ 11.9.2006, nhưng đến tận 18.1.2008, Sở TNMT mới tham mưu cho UBND tỉnh BRVT ban hành công văn số 1086/UBND-VP, yêu cầu các ngành thực hiện quy định nêu trên của Văn phòng Chính phủ! Như vậy, phải chăng sở này đã hiểu sai hay cố tình chậm tham mưu để có điều kiện cấp phép xong cho 2 dự án trên, rồi mới tham mưu cho tỉnh thực hiện chỉ đạo của Phó Thủ tướng?