UBND TP.Hà Nội đã thành lập Đoàn thanh tra liên ngành, tiến hành thanh tra, giải quyết đơn theo đúng quy định của pháp luật. Trong quá trình giải quyết, một số tu sĩ giáo xứ Thái Hà mà đứng đầu là Linh mục chính xứ Vũ Khởi Phụng đã không hiểu và cố tình không hiểu luật pháp, bất hợp tác, không tôn trọng chính quyền; liên tục có những hành vi vi phạm pháp luật.
Gần đây, UBND quận Đống Đa tiếp tục mời các tu sĩ đến làm việc, nhưng họ từ chối không hợp tác với chính quyền. UBND TP.Hà Nội đã mời Giám tỉnh dòng chúa cứu thế Phạm Trung Thành để giải quyết nhưng Giám tỉnh không tiếp xúc, làm việc; các cơ quan chức năng và các đoàn thể từ TP đến cơ sở đã liên tục gặp gỡ, tuyên truyền, giải thích, vận động, thuyết phục, nhưng một số tu sĩ, giáo dân vẫn cố tình vi phạm pháp luật; làm cho tình hình tại khu vực Nhà thờ Thái Hà (178 Nguyễn Lương Bằng) ngày càng phức tạp hơn.
Với những hành vi nêu trên, Chủ tịch UBND TP.Hà Nội cảnh cáo ông Vũ Khởi Phụng-Linh mục chính xứ Thái Hà và các tu sĩ Nhà thờ Thái Hà: Nguyễn Văn Khải, Nguyễn Văn Thật, Nguyễn Ngọc Nam Phong; đồng thời yêu cầu các ông: Dừng ngay các hành vi vi phạm pháp luật, nếu cố tình sẽ bị xử lý nghiêm minh theo pháp luật; vận động các giáo sĩ, giáo dân chấp hành đúng các quy định của luật; không tổ chức hoạt động tôn giáo trái phép, khẩn trương di chuyển tượng, thánh giá, ảnh... về nơi thờ tự; không thông tin tuyên truyền với nội dung xuyên tạc, kích động, tung tin bịa đặt, lợi dụng, lôi kéo giáo sĩ, giáo dân vào các hoạt động vi phạm pháp luật; nghiêm túc chấp hành các quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền trong quá trình giải quyết vụ việc.
*Trước đó, ngày 21.9, UBND TP.Hà Nội đã có công văn (số 1370/UBND - TNMT) gửi ông Ngô Quang Kiệt - Tổng Giám mục giáo phận Hà Nội. Nội dung công văn có đoạn: Thời gian qua trên địa bàn TP xảy ra một số vụ vi phạm pháp luật liên quan đến khiếu nại đòi đất có nguồn gốc tôn giáo.
Cụ thể: Từ ngày 18.12.2007 đến ngày 8.1.2008, nhiều giáo sĩ, giáo dân thuộc giáo phận Hà Nội đã tiến hành các hoạt động tôn giáo bất hợp pháp, đẩy đổ cổng sắt, đánh bị thương bảo vệ, dựng tượng, thánh giá tại khu nhà đất 42 Nhà Chung.
Ngày 15.8.2008, tại 178 Nguyễn Lương Bằng (quận Đống Đa), một số giáo dân giáo xứ Thái Hà đã đập phá tường rào của Cty CP may Chiến Thắng vào chiếm đất, chặt cây, đặt tượng Đức Mẹ, dựng thánh giá. Linh mục giáo xứ Thái Hà và giáo dân thường xuyên tổ chức các hoạt động tôn giáo bất hợp pháp trên khu đất đã chiếm.
Trước những sự việc trên, với trách nhiệm, cương vị là Tổng Giám mục giáo phận Hà Nội, ông đã không những không thực hiện đúng Pháp lệnh Tín ngưỡng, tôn giáo, phối hợp với chính quyền các cấp vận động, khuyên bảo các giáo sĩ, giáo dân chấm dứt các hoạt động vi phạm pháp luật, mà còn trực tiếp tham gia kích động, lôi kéo, khuyến khích bằng các bài trả lời phỏng vấn, thư hiệp thông.
Các văn bản của Toà Tổng giám mục do ông ký có nội dung xấu, xuyên tạc sự thật đăng tải trên một số phương tiện thông tin đại chúng nước ngoài.
Tiếp theo các hành vi trên, ngày 19.9.2008, nhân danh Toà Tổng giám mục Hà Nội, ông đã ký "Đơn khiếu nại khẩn cấp" gửi Chủ tịch Nước, Thủ tướng Chính phủ với những nội dung xuyên tạc sự thật, vu cáo chính quyền, coi thường pháp luật, thách thức Nhà nước, như trong văn bản đã nêu: "Chúng tôi có quyền sử dụng những khả năng có thể để bảo vệ tài sản của chúng tôi". Những hành vi nêu trên của ông trong suốt thời gian qua là có hệ thống, thể hiện rõ việc coi thường pháp luật, chưa bao giờ từ bỏ ý đồ đòi đất trái pháp luật.
Với những hành vi nêu trên, Chủ tịch UBND TP.Hà Nội cảnh cáo ông. Đồng thời, yêu cầu ông, với cương vị là Tổng Giám mục giáo phận Hà Nội: 1. Dừng ngay các hành vi vi phạm pháp luật. Nếu không sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật. Đồng thời có trách nhiệm vận động các giáo sĩ, giáo dân chấp hành đúng các quy định của pháp luật, không được tổ chức các hoạt động tôn giáo trái phép, khẩn trương di chuyển tượng, thánh giá... về đúng nơi thờ tự. 2. Không được tổ chức các hoạt động thông tin truyền thông với nội dung xuyên tạc, kích động, lợi dụng, lôi kéo giáo sĩ, giáo dân vào các hoạt động vi phạm pháp luật.