Được biết Phạm Hồng Kỳ đã tham ô 3,3 tỉ đồng từ nguồn vốn hoạt động của Quỹ sử dụng vào mục đích cá nhân. Bị cách chức giám đốc và đề nghị khởi tố Kỳ đã nộp trả 1 tỉ đồng từ tiền tham ô. Cơ quan chức năng sau đó đã phong tỏa một số tài sản nhà và đất đứng tên Kỳ để phụ vụ công tác điều tra và khắc phụ hậu quả.