Các tỉnh dọc sông Hậu gồm An Giang, Đồng Tháp và TP Cần Thơ có gần 20 khu, cụm công nghiệp tập trung nhưng chưa có hệ thống xử lý nước thải nào đi vào hoạt động...
Hiện KCN Trà Nóc, KCN Thốt Nốt (Cần Thơ) và cụm công nghiệp Mỹ Quý (An Giang) mỗi ngày đêm xả ra sông Hậu gần 30.000m3 nước thải.
Nhiều doanh nghiệp chế biến thủy sản xả thẳng nước thải ra sông gây ô nhiễm nguồn nước, ảnh hưởng nghiêm trọng đến đời sống của người dân.
Các cơ quan bảo vệ môi trường cảnh báo nguồn nước ven bờ sông Hậu đang bị ô nhiễm cấp độ 2; rạch Sang Trắng cấp 7, rạch Bò Ót (TP Cần Thơ) ô nhiễm cấp độ 4...